审计作为经营管理的监督和再监督职能部门，其工作职责在于发现问题、提出预警、做出整改方案，为银行经营管理良性运营提供保障。但是，长期以来，审计工作中存在着表面化、怕暴露问题和怕被审计单位不理解等因素；同时，由于从业人员较少、审计任务繁重等原因，使审计职能得不到充分发挥。
提高对审计工作的认识，增强审计工作相对独立性。近年来，审计工作的安排在很大程度上仍停留在应付检查上，缺乏统一的组织和部署。审计部门与其他业务职能部门的关系还未理顺，尤其在督导检查与审计检查工作上存在着分歧，缺乏统一的领导。审计工作对本行最高领导层负责的性质决定了其必须得到足够的重视，必须是“一把手”亲自直管审计工作。让审计人员从其他业务工作中脱离出来，强调审计工作的独立性，避免工作受干扰。
健全审计体制，加强对审计人员管理。现行审计管理体制下，审计部门属行内职能部门，审计人员的工作由所在省分行统一调度，工资福利待遇和工作聘任均受本行的管理约束，工作独立性和超脱性受到限制，导致审计查处难、真实反映问题难、审计处罚兑现难等问题。为更好地发挥审计的职能作用，确保审计人员在工作上具有一定的独立性和超脱性，应健全现行审计体制，实行审计人员逐级派驻制。审计人员分别由总行、省级分行派驻到下一级分行从事审计工作，按下审一级的原则对辖属各行进行审计检查，定期轮换，审计人员编制、待遇等由上级行统一管理、调度。
加强审计队伍建设，提高审计人员业务素质。审计队伍建设是提高审计工作质量的关键。一要配备专业能力和综合分析能力较强的人员从事审计工作。审计部门不仅要对资金计划、信贷、财务、会计等业务部门进行管理审计，还要客观、公正地做好内部管理的审计评价和行长任期经济责任审计，所以必须选配政策性强且具有事业心、责任感的综合性业务人员从事审计工作。二要加大审计人员在岗继续教育培训力度。要有的放矢地组织审计人员学习与业务有关的法律、法规、农发行的制度、规定、办法等。组织审计人员采取多种形式、定期或不定期地进行系统的业务培训，在工作中有意识地对审计人员进行实践锻炼，为审计工作的开展提供人员素质保证。三是要保持审计人员的相对稳定性，在审计人员相对紧缺的情况下，这一点显得尤为重要。
运用网络技术，创新审计手段。随着农发行会计综合业务系统的开通、CM2006信贷管理系统的开发应用以及电子化运用程度的提高，各项业务迅速发展，并逐步实现网络化。尤其是综合业务系统使农发行财务和业务数据在计算机网络系统中高度集成，审计部门经授权可以利用网络技术，发挥计算机的智能化优势、审计软件的专业化和规范化优势，按统一操作程序在短时间内完成对被审计单位财务和业务数据的全面非现场审计，提高非现场审计工作质量和效率。同时，为现场审计提供线索，缩短审计时间，减少审计成本。
改进审计方法，转变审计重点。学习借鉴国际先进的、以对内控制度的测试与评价为内容的“制度基础审计”和以风险的分析、评价和控制为基础、保证审计质量为前提的“风险基础审计”方法，逐步把审计工作重点从事后差错纠弊的复核向以强化内部管理、防范经营风险的经营审计为主的方向转变。
建立审计资料数据库。随着各项业务工作的开展，审计部门的文件、数据、资料等将增多，建立审计资料数据库将成为提高审计工作质量的必要手段。具体是序时对被审计单位报审材料进行真实性审计后录入审计资料数据库，作为审计监督基础数据资料，使之反映一定时期全行经营管理活动变化情况，反映一定时点所辖行经营管理活动成果，达到序时监控、及时反映的目的。
加强审计过程和审计报告的质量控制，严把复核关。在审计过程中要严格按审计程序操作，对发现的问题在审计工作底稿中详细记录，通过审计主审、审计组长、审计负责人三级复核予以确认；审计报告中应主要反映经营风险性问题，要排除任何干扰，真实反映情况，重点分析产生问题的原因及危害性，并且以规章制度条例办法为依据，提出整改意见及建设性建议。
建立和完善审计评价体系，认真开展审计评价工作。在新形势下，审计评价工作一方面要以《中国农业发展银行审计若干准则》和《内部审计基本准则》等有关规定为基础，结合农发行审计工作实际，建立农发行审计工作质量控制办法和评价标准；另一方面，要建立和完善非现场审计风险指标等级考核评价系统，定期对辖属行各项风险指标进行实时测算监控，进行等级评价，及时提供业务再监督，加强风险防范。此外，通过定期对辖属行开展内控审计评价工作，发现经营管理及业务操作中存在的不完善之处，促其整改，以此促进规范化管理工作的深入开展。
提高审计成果的利用水平。审计工作的最终目的是利用审计发现的问题，弄清问题症结，提出切实可行的整改方案，对存在的问题进行跟踪整改，达到防微杜渐、惩前毖后的目的。因此，提高审计成果的利用水平，既是审计工作的目的，同时对调动审计人员的工作积极性，提高审计工作质量，也具有重要作用。