一、价格的基础条件不同。最低收购价是在全面放开粮食市场、价格、粮食市场化改革的前提下，引导农民种好粮，发挥价格的导向作用，用市场手段配置农业资源的要求下出台的。而保护价是在粮食供给有余，避免谷贱伤农，稳定粮价，保护种粮农民利益而制定的政策。

二、价格本质不同。最低收购价是建立在放开收购价格，收购主体多元化，收购市场充分竞争的市场机制基础上，完全引入市场机制。而保护价制度是政府定价和国有粮食购销企业垄断的产物。   　

三、价格执行主体不同。最低收购价格政策执行主体是由政府按价格执行预案要求委托个别发挥主渠道作用的国有粮食购销企业入市收购。而保护价则是所有国有粮食购销企业和取得收购资格的其他粮食经营企业都可入市收购。   　　

四、定价品种不同，最低收购价的定价品种只是国家确定的重点紧缺粮食品种（稻谷），其定价依据是综合国内、国际粮食价格水平和种粮成本，经有关部门测算上报国务院，由中央政治局确定，有关部门出台。而保护价是国务院根据种粮成本，参照粮食价格的整体水平，品种差异对小麦、稻谷、玉米三大品种确定在全国范围内实行保护价政策。   　　

五、执行范围不同。最低收购价只是当主产省的稻谷品种低于国家出台的最低收购价时，个别企业受政府委托在一定区域内（如早籼稻品种仅有4个主产省）入市收购，当收购到一定数量，市场价格回升到最低收购价以上时则停止收购。而保护价不受时间和地点限制，只要是保护价范围内的粮食品种，必须坚持敞开收购。   　　

六、资金贷款管理办法不同。最低收购价格收购的粮食贷款执行国家调控贷款，由委托方明确利息、费用及可能发生亏损的补贴办法后，农发行审核同意，按照政府委托粮食企业入市收购粮食的有关文件和计划全额提供；未受委托收购的粮食贷款执行粮食流转贷款办法。而保护价粮食贷款由农发行按照“收一斤粮贷一斤粮款”的贷款管理办法，收多少粮食贷多少粮食的货款，不受计划和时间的限制。   　

七、执行时间不同。最低收购价只有当主产省稻谷（含早籼稻、中籼稻、晚籼稻、粳稻）收购价低于国家出台的最低收购价时，为了保护种粮农民利益，防止谷贱伤农现象发生，政府才委托个别国有粮食购销企业入市收购，当收购到一定数量、价格回升到合理区间时，国家立即下达停止收购指令。而保护价政策规定必须坚持常年、常时敞开收购农民余粮，不受时间、地点限制。   　　

八、管理方式不同。最低收购价要制定价格执行预案，早籼稻收购价格执行预案中规定：中储粮总公司及其分公司按最低收购价收购的粮食由中储粮总公司负责就地临时储存，择机按市场价格销售，收购费用和保管费用补贴及销售盈亏处理由财政部规定。地方储备公司按最低价收购的粮食优先充实地方储备，其贷款利息和有关收购、保管费用按现行规定，由省级人民政府从粮食风险基金中列支，粮食销售后要及时足额归还农发行贷款，亏损从地方粮食风险基金中支付。而按保护价收购的粮食，由收购企业储存，对国有粮食购销企业给予超储补贴，按市场价格销售，不准逆向操作，发生亏损由企业承担。   　

九、补贴方式不同。按最低价收购的粮食，数量有限，由收购企业进行营销，如因高进低出发生亏损，国家可按有关规定采取补贴销售等多种方式给予处理。而按保护价收购的粮食，对国有粮食购销企业政府以超储补贴的方式储存起来，保管费用和利息从粮食风险基金中列支，由购销企业销售，不准发生亏损。   　　

十、价格支持政策效率不同。按最低收购价格入市收购的粮食必须符合国家质量要求，粮食价格机制由市场形成，用市场手段配置粮食资源，用价格引导农民种粮，对种粮农户实行直接补贴，粮农已从种粮中得到了实惠，取得了直接效益，从而激发了粮农的种粮积极性，为保证粮食安全，发挥宏观调控作用，引导农民调整种植结构，多种优良品种，增加农民收入，起到了积极作用。而保护价政策主要考虑的是稳定粮食价格，保护种粮积极性，确保国家粮食安全，由于保护价收购政策实施主体是国有粮食购销企业，自身利益的存在难以避免，导致压级压价现象的发生，粮食部门在农民中的形象也差，中间环节侵吞国家补贴事件时有暴光，政府补贴与农民收入增加极不对称，政策效率损失十分严重。   　

最低收购价和保护价他们都涉及到“三农”问题，其核心和出发点是农民问题，发展农业，繁荣农村经济最关键的就是要调动农民从事农业生产的积极性，而最有效的方法就是稳定增加农民收入。加入WTO后，农业发展面临巨大压力，农民收入增长受到威胁。因此，各级粮食收购企业和管理者必须清醒地认识到最低收购价格和保护价的区别与联系，正确处理好粮食收购、销售、储存之间的关系，发挥国有粮食购销企业的主渠道作用，创造更多的经济效益和社会效益。