随着农村信用社经营情况的逐步好转，各级信用社管理部门越来越重视内控制度建设，以保证农村信用社的稳健发展。尽快建立起规范、科学、有序的内控制度，不仅是防范金融风险的内在需要，同时也是实现既定发展目标的根本保证。自2005年以来，农村信用社各级管理、监管部门组织开展的案件专项治理活动，是针对农村信用社现状做出的重要决策，活动的开展和有效的治理结果，必将对规范农村信用社的内控建设起到积极作用。　　
　　一、农村信用社内控制度建设的现状
　　（一）对内控机制建设的重要性认识不足。直到今天，仍有人把内部控制简单地理解为各种规章制度的制定、装订、汇总，认为做了整章建制方面的工作，就等于建立了内控机制；有的在把握内控与管理、内控与风险、内控与发展的关系等问题上，认识有偏差，把加强内控与发展和效益对立起来，在业务拓展和风险防范的抉择中，侧重于抓规模、抓效益，不切实际地求得资产规模的扩张，造成违规违章现象发生，以致资产质量低下。
　　（二）内控制度建设不成体系。农村信用社在内控制度建设方面还远远滞后于业务发展，随着县级联社一级法人的组建，按照银监部门的要求，均已制订了一系列的制度、办法。形式上一经具备了完善的内控制度体系。实质上却经不起检验，一是许多制度只是借鉴其他金融机构的做法，属舶来品，与农村信用社现阶段的发展相去甚远，抑或是在原有制度上稍作修改，跟不上信用社发展的步伐。只有少数制度办法切实符合实际，而又各成体系，缺乏全省统一的制度规范、体系。
　　（三）稽核检查执行力不足。由于当前农村信用社现有的稽核力量明显配备不足，因而监督检查往往不到位。从目前信用社的经营现状看，稽核机构很难对业务部门的活动进行全面的监督，稽核也是以事后监督为主，缺少事前、事中的监督，这容易造成对各项规章制度的执行情况缺乏应有的督促检查，会使风险防范产生一定的死角和盲区。比如，会计工作现在只局限于单纯的记账、算账和报表，从事会计工作的人员很难履行监督职责，稽核机构参与监督管理的职能未能得到有效的发挥，并会出现“三多三少”的现象。即对传统业务监督检查多，对新兴业务监督检查少；对操作的规范性监督检查多，对业务经营中风险性监督检查少；对事后的监督检查多，对事前的防范监督检查少，致使内控制度建设中深层次的问题难以发现。
　　（四）风险控制系统不健全。风险控制是信用社内部控制中的一个难点，目前农村信用社以整体风险控制为目标的资产负债比例管理尚处于软约束阶段，以局部风险控制为内涵的贷款分责管理还执行不严格，缺乏具体风险评估及控制为核心的信贷风险管理体系，管理制度也极不完善。贷款发放还没有实行风险度管理，对计算机系统的风险控制能力差，而且对信用社内部控制的考核还缺乏具体的标准和办法
　　二、必须切实完善内控制度建设
　　任何案件的发生和发展都不是偶然的，定会有其滋生的角落和坏土。要想遏制案件的发生，就要从源头上解决问题，就必须加强内部监督管理，强化以制度建设为主要内容的查防案件专项治理。
　　（一）充分认识内控制度建设的重要性和紧迫性。目前，全省信用社的业务发展速度明显加快，改革和票据兑付工作也取得了阶段性成果。在好的形式下，要教育员工正确处理好业务发展与业务规范之间的关系，既要重发展业务，又必须规范经营，依法经营，从严治社。要转变经营理念，推行全员问责的内控机制，使内控制度建设真正落到实处。
　　（二）建立健全各项内控制度。无规矩不成方圆。规章制度是构筑内部控制的基本要素，是各项业务应当遵循的标准和程序的总和，也是检查和纠正一切违规问题的依据。内部控制离不开规章制度，否则不可能达到预定的目标。认识到内控建设的重要性，就要抓好该项工作，其关键是要建立健全各项内控制度。一是根据深化改革的需要，对现有的各类业务规章、人事管理制度、劳动用工制度等内控制度进行一次全面的清理，结合农村信用社的实际，制定一套切实可行的制度办法，对那些时过境迁，不适应新情况的规定和办法，该废止的废止，该补充的补充，该修订的修订。从制度上规范信用社法人和员工的行为，从而形成对各项业务的全程监控，增强风险防范的能力。二是严格规范信贷内控体系，建立贷款风险预警管理制度。全面推行“三信工程”，依据贷款人的风险等级和贷款方式，确定贷款风险程度，根据风险程度高低决定贷款的审批权限、金额大小、利率高低和期限长短。三是健全内部稽核监控指标管理体系，对信贷资产的安全性、流动性、效益性等指标进行科学监督，优化信贷资产结构，最大限度地预防和规避经营风险。四是加快与新业务相适应的内部控制建设，在电子化新业务开发或推广时，应对计算机程序的设计、运行以及数据流向过程实施有效监督，以便有效控制新生业务风险点。
　　（三）加强制约检查，保障制度落实。一是坚持实行授权授信制度。根据各种业务经营活动性质及功能，建立统一法人管理和法人授权为主要特征的管理制度。各项业务均应按授权进行审核批准，对会计账务处理实行分级授权，特别授权业务要经过特别审核批准，以此形成完善的内部牵制和监督约束机制。二是实行岗位职责分离管理。加强部门与部门之间、岗位与岗位之间的相互监督制约。在业务运营过程中应实行适当的责任分离制度。如货币保管与账务记录相分离；业务授权审批与具体经办相分离；风险评定与业务经办岗位相分离等。在业务操作层，要建立规范的岗位管理责任制，重点岗位重点管理，对资金交易、信贷管理、财务会计等岗位实行人员轮换及强制休假制度。在业务管理上，要分清职能部门指导与监督落实内控制度的职责，切实维护各项内控制度的权威性和严肃性。三是构筑有效的内控监督机制，强化监督管理。在相关职能部门之间，要建立权力制衡、程序约束的内控机制，保证检查监督机构的权威性与独立性。稽核部门要全方位、全系统地加强对内部实行监督管理，独立行使内控职能。除此之外，还应建立网络业务稽核应用软件程序，并加强稽查人员稽核业务和微机方面的培训，提高稽查水平和覆盖面，同时加大对计算机综合业务系统安全性的稽核力度，将风险控制制度、指标及规程等项内容进行计算机程序化处理，形成一个完整的风险管理体系，防患于未然。